Die Töpfchenpilze bilden eine Abteilung meist einzelliger Organismen innerhalb des Reichs
der Pilze (Fungi). Für eine Weile wurden die Töpfchenpilze wegen des Vorhandenseins
begeisselter Stadien im Lebenszyklus nicht als Pilze angesehen, heute gilt ihre enge
Verwandtschaft mit den anderen Pilzgruppen aber als sehr wahrscheinlich. Ihre
stammesgeschichtliche Schwestergruppe bilden entweder die Jochpilze oder alle anderen
Pilzgruppen zusammen.