Durch die Ergebnisse der molekularen Systematik kristallisierte sich ein weitere Gruppe der
Protisten heraus, die Alveolata. Zu ihnen gehören bestimmte Flagellaten (die
Dinoflagellaten), bestimmte parasitische Protozoen (die
Sporentierchen) und eine Gruppe
von Eukaryoten, die sich mithilfe von Cilien bewegen (die
Wimperntierchen). Die Alveolata
besitzen viele membrangebundene Bläschen (Alveoli) unter ihrer Zelloberfläche. Die
Funktion dieser Alveoli ist unbekannt; sie könnten dazu dienen, die Zelloberfläche zu
stabilisieren und den Wasser- und lonenhaushalt der Zelle zu regulieren.